Программа WinFF - видео конвертер выпускается как для Linux, так и для Windows. WinFF работает с кодеком FFMPEG. Устанавливается из штатного репозитория. 

Имеет довольно понятный и простой интерфейс. Поддерживает пакетную обработку файлов.
- Очень большая скорость кодирования.
- Имеется поддержка форматов высокого качества.
- Большой выбор популярных аудио и видео форматов.

Поддерживаемые форматы: ASF, AVI, FLV, Matroska, MPEG. Для опытных пользователей имеются дополнительные настройки (возможность указать дополнительные параметры посредством командной строки). 

Особенность данного конвертера в том, что он способен конвертировать несколько потоков за один проход. Например, вы можете конвертировать видеофайл формата MPEG в FLV, и MOV и в AVI одновременно.

Источник: http://forum.matuntu.info/